在增值税处理上，一般有农业出产者出售自产的农产品；收买别人的农产品出售；出售农产品一起供给维护劳务；农人专业合作社出售农产品等，不同的运营方式习惯不一样的税收方针，也有不同的税务处理方法。
一是农业出产者出售自产的农产品。《增值税暂行法令》第十五条规则，农业出产者出售的自产农产品免征增值税。《增值税暂行法令如细则》第三十五条清晰，法令第十五条所称农业是指栽培业、饲养业、林业、牧业、水产业。农业出产者，包含从事农业出产的单位和个人。农产品，是指初级农产品，详细规模由财政部、国家税务总局确认。例如，某花木基地2010年出售自己栽培的花木收入450万元，进项税金8.7万元，该基地出售自己栽培的花木免征增值税。但要留意按税法要求填开收据，对归于征、免规模的农产品分隔开具发票。假如苗圃在出售树苗时，还有维护费、美化费、工程费等别的的费用，税法规则维护费等不归于免征规模，开票时一致并入树木款中开具，就不能享用免税优惠。
二是收买别人的农产品出售。《财政部、国家税务总局关于印发〈农业产品纳税规模注释〉的告诉》（财税字[1995]第052号）规则，农业出产者出售外购的农业产品，及单位和个人外购农业产品出产、加工后出售的依然归于注释所列的农业产品，不归于免税的规模，应当依规则税率征收增值税。纳税人兼营免税、减税项目的，应当别离核算免税、减税项目的出售额；未别离核算出售额的，不得免税、减税。例如，某花木运营公司既自己栽培花木，也收买花木出售，2010年出售花木收入1270万元，其间自己栽培的花木320万元；获得合法收据能够抵扣的进项税金75万元，其间自己栽培部分10.2万元。假如分隔核算，应纳增值税为（1270-320）×13%-（75-10.2）=58.7（万元）；假如未分隔核算，则应纳增值税为1270×13%-75=90.1（万元）。
三是在出售林木的一起供给林木管护。《国家税务总局关于林木出售和管护征收流转税问题的告诉》（国税函[2008]212号）规则，纳税人出售林木以及出售林木的一起供给林木管护劳务的行为，归于增值税征收规模，应征收增值税。例如，某苗圃出售非自产的苗木130万元，一起供给苗木维护获得收入12万元，可抵扣的进项税10.9万元，则该苗圃应纳增值税=（130+12）×13%-10.9=7.56（万元）。
四是农人专业合作社出售农产品。《财政部、国家税务总局关于农人专业合作社有关税收方针的告诉》（财税[2008]81号）清晰，对农人专业合作社出售本社成员出产的农业产品，视同农业出产者出售自产农业产品免征增值税；增值税一般纳税人从农人专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率核算抵扣增值税进项税额；对农人专业合作社向本社成员出售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
《国家税务总局关于印发营业税问题解答（之一）》（国税函[1995]156号）规则，对美化工程依照“建筑业-其他工程作业”项目征收营业税，供给苗木维护劳务归于服务业领域，应依照“服务业-其他服务业”项目征收营业税。国税函〔2008〕212号清晰，纳税人独自供给林木管护劳务行为归于营业税征收规模，其获得的收入中，归于供给农业机耕、排灌、病虫害防治、植保劳务获得的收入，免征营业税。例如，某企业承接了一项美化维护工程，为一小区栽种水杉树苗，并在工程完工后1年内供给树苗日常维护。美化工程价款750万元，维护劳务收入100万元，其间病虫害防治、植保劳务收入50万元。应纳营业税=750×3%+（100-50）×5%=25（万元）。
《企业所得税法》第二十七条规则，企业从事农、林、牧、渔业项目的所得等能够免征、减征企业所得税。《企业所得税法施行法令》第八十六条、《财政部、国家税务总局关于发布享用企业所得税优惠方针的农产品初加工规模（试行）的告诉》（财税[2008]149号）进一步清晰了农产品初加工规模，详细包含：企业从事蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、生果、坚果的栽培，中药材的栽培，林木的培养和栽培，家畜、家禽的饲养，农作物新品种的选育，林产品的收集，灌溉、农产品初加工、兽医、农技推行、农机作业和修理等农、林、牧、渔服务业项目，远洋捕捉项目的所得，免征企业所得税；企业从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的栽培，海水饲养、内陆饲养项目的所得，折半征收企业所得税。税法清晰，对没有列明的农、林、牧、渔业项目，以及国家制止和约束开展的项目，不得享用税法规则的涉农税收优惠。为此，企业获得的各项收入应严厉区别征免项目，分隔核算，别离开具收据和分项填列报表，别离适用税收征免方针规则，不然不能享用减免税优惠。
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